אלקטרופורזה של ג'ל יכולה להתבצע בכיוון אופקי או אנכי. ג'לים אופקיים מורכבים בדרך כלל ממטריצת אגרוז. גודל הנקבוביות של ג'לים אלה תלוי בריכוז הרכיבים הכימיים: נקבוביות ג'ל אגרוז (קוטר 100 עד 500 ננומטר) גדולות יותר ופחות אחידות בהשוואה לזו של ג'לפורות אקרילאמיד (קוטר של 10 עד 200 ננומטר). באופן השוואתי, מולקולות DNA ו-RNA גדולות יותר מגדיל ליניארי של חלבון, שלעתים קרובות עוברים דנטורציה לפני או במהלך תהליך זה, מה שמקל על ניתוחם. לפיכך, מולקולות DNA ו-RNA מופעלות לעתים קרובות יותר על ג'לי אגרוז (אופקי). מערכת ה-DYCP-31DN שלנו היא מערכת אלקטרופורזה אופקית. מכשיר יציקת ג'ל יצוק זה יכול ליצור 4 גדלים שונים של ג'לים על ידי מגשי ג'ל שונים.
