מערכת אלקטרופורזה מורכבת משני מרכיבים עיקריים: ספק כוח ותא אלקטרופורזה. ספק הכוח מספק כוח. ה"כוח", במקרה זה, הוא חשמל. החשמל שמגיע מאספקת החשמל זורם, בכיוון אחד, מקצה אחד של תא האלקטרופורזה לקצה השני. הקתודה והאנודה של החדר הם המושכים חלקיקים בעלי מטען הפוך.
בתוך תא האלקטרופורזה, נמצא מגש - ליתר דיוק, מגש יציקה. מגש היציקה מורכב מהחלקים הבאים: פלטת זכוכית הנכנסת בתחתית מגש היציקה. הג'ל מוחזק במגש היציקה. ה"מסרק" נראה כמו שמו. המסרק מונח בחריצים בצד מגש היציקה. מכניסים אותו לחריצים לפני שפיכת הג'ל החם והמותך. לאחר שהג'ל מתמצק מוציאים את המסרק. ה"שיניים" של המסרק משאירות חורים קטנים בג'ל שאנו מכנים "בארות". בארות נוצרות כאשר הג'ל החם והמותך מתמצק סביב שיני המסרק. מסרק נשלף לאחר שהג'ל התקרר ומשאיר בארות. הבארות מספקות מקום לשים את החלקיקים שברצונך לבדוק. אדם חייב להיזהר מאוד לא לשבש את הג'ל בעת העמסת החלקיקים. פיצוח או שבירת הג'ל ישפיעו ככל הנראה על התוצאות שלך.